２４世紀初，私立武裝組織天人部隊駕駛著高達從天而降，開始以武力根絕戰爭，他們冒著組織被瓦解的危機，令紛爭不絕的世界，產生了急劇的變化。隨著地球聯邦政府的成立,再經歷過由獨立治安維持部隊A-Laws挑起的戰火洗禮，人類最終選擇了不再依賴武力的社會。然而，到了公元2314年，一艘被廢棄了130年、全無生命跡象的木星探測船，慢慢的接近地球軌道。船上帶著一個預告：一場關係人類存亡的戰爭即將爆發... 在戰鬥中，進化為人類領航員的革新者、天人部隊的高達使者剎那．Ｆ．塞爾，他面對全新危機的同時，亦面對自身進化的真正意義。伊奧里亞計畫的最後階段、以及所謂「即將到來的對話」，究竟是甚麼 …