1999年7月，神祕巨大的流星墜落在南亞塔利亞島上，前所未有的強大衝擊波引發了全球性的地震。經過調查，這是一艘全長1200米的巨大外星人的戰艦。經過研究，人類得知地球之外存在這智慧生命並正積極準備進攻地球……人類正面臨著前所未有的重大危機。

    10年後，通過飛船的研究，人類已經掌握了前所未有的先進科技，這在以前都是不可想象的科幻般的成績。在這種情況下，一部份人類計畫將地球統一成一個國 家，這個顛覆性的思想吸引了相當多的國家的加入，他們為統一行動積極行動著。引發其他不願意統一的國家的反感。雙方的分歧越來越大，外交的努力被放棄後， 統一派和反統一派的戰爭終於不可避免地爆發。地球人的內部戰爭異常的慘烈，無數人的生命熔化在熊熊戰火中……

    在第一次地球聯合戰爭爆發8年以後。隨著越來越多的資深駕駛員在殘酷的戰鬥中喪身，政府下令十幾歲的少年也必須參軍。在這樣的時代背景下，年輕的聯合軍駕 駛員工藤 真 駕駛著愛機F-14TomCat出戰。他駕駛技術高超，但目中無人，連軍中他唯一的朋友，副駕駛愛德華有時也必須對他忍氣吞聲。某日，真和隊友執行任務歸 艦途中，突然遭到不明的變形戰鬥機襲擊，伸所在小隊的全部飛機悉數被擊落，包括真。

    在飛機爆炸前彈出逃生的真，被瑪雅島上的當地人救起，而愛德華卻下落不明。負傷的真不僅不感恩，反而對這裡的居民抱有敵意。但是隨著和島上的風之巫女賽拉 以及她的妹妹瑪奧相處一段時間後，他漸漸對純樸的她們消除了隔閡，也從這裡的古老傳說以及賽拉的特殊能力中，感覺到這個小島並非只是與外界來往較少，它似 乎有著不同尋常的祕密。

    與此同時，統合軍不僅在外星飛船的研究中發掘出新的成果，還在海底發現了可能是史前文明的殘骸，領導此項研究的阿莉艾斯博士，她的"好友"霍克擔任海軍骷髏中隊的隊長，正是由他駕駛最新型的VF-0可變形戰斗機率隊進行第一次實戰﹗

    激烈的空戰在小島的周圍展開，不斷墜落的碎片、槍彈傾瀉到了這個彈丸之地，而此時去聖泉的瑪奧被這些從天而降的火焰所包圍，生命危在旦夕……

    當鳥人再次出現之時，世上會響起毀滅之歌……