为了参加下一个小精灵竞技赛，小智一行来到了白杨镇，在那里遇见了一位名叫艾丽丝的可爱少女。艾丽丝带他们参观了小镇的标志建筑—— 时空之塔和水树相映成趣的美丽庭园。抱着观光的心情而去的小智一行却偶然遭遇庭园被不明生物袭击的事件。这个小镇有权有势的艾伯特男爵也出现在那里，他一口咬定这是传说中的小精灵——达克莱伊所为。不久，达克莱伊突然从可怕的幻影中现身于小智等人的面前。
未知的小精灵，达克莱伊，它到底从何而来？正当那时，帝牙卢卡和帕路奇犽在时空夹缝中的战斗蔓延开来。
强大的力量相互冲撞，将空间撕裂。并且，从裂口正好能看见白杨镇的所在位置。在和帝牙卢卡的战斗负伤的帕路奇犽逃到了这个小镇。但是，感觉到帕路奇犽存在的达克莱伊立刻对它展开了攻击。这时，追赶帕路奇犽而来的帝牙卢卡也出现在白杨镇。被称为神的两只小精灵与达克莱伊相遇之时，震撼时空的史上最强战斗开始了。
即时强烈的冲击让白杨镇岌岌可危，不久便面临崩溃的危机。“古狄的日记”中记载的预言即将成为现实。
小智等人能否解除这个危机呢！？结果达克莱伊是敌人还是盟友呢？！「奥拉希翁」究竟是什么呢？！

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