在《命运石之门0》的β世界线中,前作角色牧濑红莉栖的存在由于没有得到冈部伦太郎的帮助已经被抹杀掉了,但是人工智能AI却保留了牧濑红莉栖的记忆信息,如何在β世界线里完成对牧濑红莉栖的拯救关系着未来的命运走势。
主人公冈部伦太郎的助手牧濑红莉栖死亡四个月之后，他的生活终于回到正轨，开始以助手生前所读大学“维克多.康多利亚大学（ヴィクトル・コンドリア大学）”为目标，过上了大学生活。在那里他遇到了和助手一同进行研究的教授以及助手打前辈相遇，并接触到了他们的研究内容：将人类记忆保存至电脑的系统“Amadeus”。从此他的生活发生了巨大变化。