意大利罗马的某“社会福利公社”是一个以公益事业为幌子从事为政府执行特种任务的特务机构~~其杀手全部由接受义体（人体改造）和条件付与（洗脑）的少女担任~~接受义体和条件付与的最终结果将是记忆的消失与身体的毁灭~~为此公社派出特工专门寻找身体残疾或失去父母的孤儿~~以福利院的名义将她们带回进行秘密改造~~成为强悍而只听命于与之搭档的特工的冷酷杀手“Gunslinger Girl”~~公社的每位特工与一位少女作为搭档执行任务~~这种搭配被他们成为“兄妹”~~ “社会福利公社”的特工祖捷在一家医院里找到了一位身心俱残一心寻死的小女孩~~被她悲惨遭遇震撼的祖捷将她选为与自己搭档的 “妹妹”~~带她回公社对她进行了义体移植和条件付与~~给她起名海瑞塔（Henrietta）并开始对她进行各种杀人技巧的训练~~尽管海瑞塔对别人来说仅仅是一个杀人工具~~但是祖捷像对待亲妹妹一样对待她~~他希望这个女孩能够得到些许幸福~~即使仅仅是些许微不足道的小小幸福......故事围绕着祖捷与海瑞塔还有其他几位兄妹展开了......